Balog Zoltán rektori kinevezéseket terjeszt a köztársasági elnök, illetve (főiskolai rektorok esetében) a miniszterelnök felé. A Debreceni Egyetem és a Kecskeméti Főiskola vezetésére sem azt a jelöltet terjeszti elő, akit a szenátus többsége támogatott, a Miskolci Egyetem pályázatát pedig érvényteleníti, új kiírásról határoz. Sajtóhírek politikai és gazdasági indokokkal magyarázzák az egyetemi autonómiát sértő döntéseket.
Balog lépése különösen annak fényében érdekes, hogy a HÖOK-kal kötött részmegállapodásban még az szerepelt, hogy a minisztérium visszaállítja a rektorválasztás korábbi rendszerét, mikor is automatikusan a szenátus által támogatott jelöltet javasolta a miniszter. A tárca először azzal védekezett, hogy a szóban forgó rektori pályázatokat még a részmegállapodás megkötése előtt írták ki, később azonban világossá tette, hogy a szabad rektorválasztást csak a kancellári rendszer bevezetésével egy időben hajlandó visszaállítani.