2012. január 1-től az NKA eddigi 17 helyett 9 állandó szakkollégiummal, 150 helyett 72 kurátorral működik. Az új kuratóriumok: Előadóművészet , Építőművészet és Örökségvédelem, Folyóiratkiadás, Könyvkiadás, Közgyűjtemények, Közművelődés és Népművészet, Kulturális Fesztiválok Kollégiuma, Szépirodalom és Ismeretterjesztés, Vizuális Művészetek. Ennek értelmében a korábbi Képzőművészeti Szakmai Kollégium a Vizuális Művészetek Kollégiumába olvadt, melynek vezetője Fabényi Júlia. Fabényi ekkor a Baranya Megyei Múzeumok Igazgatósága / Janus Pannonius Múzeum igazgatója, 2013 júniusától pedig a Ludwig Múzeum – Kortárs Művészeti Múzeum igazgatója, ez azonban nem tűnt/tűnik összeférhetetlennek NKA-s működésével. Hasonlóan nem számított annak hogy a Kollégium egyik tagja, Ledényi Attila a legnagyobb hazai képzőművészeti vásár igazgatója.
Az átalakítással párhuzamosan nőttek az NKA bevételei. Új források az ötöslottó játékadójának 90 százalékából, a kulturális adó teljes összegéből, költségvetési támogatásból, a központi költségvetési előirányzatokból átvett pénzeszközökből, a jogi személyek, jogi személyiség nélküli gazdasági társaságok és természetes személyek befizetéseiből, valamint a szerzői jogról szóló törvény módosítása alapján a közös jogkezelő szervezetektől származó befizetésekből származnak. 2013 folyamán többször szóba került – Balog Zoltán nyilatkozataiban is – hogy a közeljövőben az NKA az MMA irányítása alá kerül.